Alex Gibney explora el problema de la pedofilia en la Iglesia católica, siguiendo el rastro desde la primera protesta conocida contra los abusos sexuales del clero en Estados Unidos hasta el mismísimo Vaticano. Específicamente el documental se centra en el caso del Padre Lawrence Murphy, un carismático sacerdote de Milwaukee que abusó de más de 200 niños sordos en una escuela que dirigía.

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Los conventos de la Magdalena en Irlanda eran gestionados por las hermanas de la Misericordia en nombre de la Iglesia católica. Acogían a muchachas enviadas por sus familias o por los orfanatos, que allí quedaban encerradas y a las que se obligaba a trabajar en las lavanderías para expiar sus pecados. Dichos pecados eran de distinta naturaleza: Desde ser madre soltera a ser demasiado bella o demasiado fea, o demasiado simple o demasiado inteligente, o víctima de una violación, y por tales pecados trabajaban sin percibir ninguna retribución, 364 días al año, y se las hacía pasar hambre, se las sometía a castigos físicos, humillaciones, violencia fisica y moral, y se las separaba de sus hijos.